在上古时期(qī ),仙界的元(yuán )始天尊和灵(líng )宝天尊为(wéi )了发展自己(jǐ )的势力,各(gè )自成立了阐(chǎn )教和截教(jiāo ),并在人界传道布教,扶(fú )持代理人。很快,双方人(rén )马便爆发冲突,几千年(nián )来一直摩擦不断,终于(yú )在人界引起一场旷世大战,俗称“封神之战”。封神之战,阐教势(shì )力大获全胜,但是元始(shǐ )天尊的终极(jí )神器“打神(shén )鞭”却在战后(hòu )销声匿迹(jì ),再无音讯。3000年(nián )后,“打神鞭(biān )”的下落重现(xiàn )于世,线索(suǒ )直指人间,为(wéi )了找到“打(dǎ )神鞭”,阐教势(shì )力在人间(jiān )成立了“特殊事件管理(lǐ )局”(特管局)。特管局(jú )的成立并没有表面看(kàn )上去那么简单,似乎隐(yǐn )藏着巨大的阴谋。而截(jié )教的残余势力也成立了“造神研究所(suǒ )”,暗地里勾结妖界,研究(jiū )人妖结合的(de )终极力量(liàng ),只为东山再(zài )起。《三魂纪(jì )》的故事序幕(mù )由此展开(kāi )。