在上古时期,仙(xiān )界的元(yuán )始天尊和灵宝(bǎo )天尊为(wéi )了发展自己的(de )势力,各(gè )自成立了阐教(jiāo )和截教,并在人界传道(dào )布教,扶持代理人。很快(kuài ),双方人马便爆发冲突(tū ),几千年来一直摩擦不(bú )断,终于在人界引起一(yī )场旷世大战,俗称“封神(shén )之战”。封神之战,阐教势(shì )力大获全胜,但是元始(shǐ )天尊的终极神器“打神(shén )鞭”却在战后销(xiāo )声匿迹(jì ),再无音讯。3000年后(hòu ),“打神鞭(biān )”的下落重现于(yú )世,线索(suǒ )直指人间,为了(le )找到“打(dǎ )神鞭”,阐教势力(lì )在人间(jiān )成立了“特殊事(shì )件管理局”(特管局)。特管局的成立并没有(yǒu )表面看上去那么简单(dān ),似乎隐藏着巨大的阴(yīn )谋。而截教的残余势力(lì )也成立了“造神研究所(suǒ )”,暗地里勾结妖界,研究(jiū )人妖结合的终极力量(liàng ),只为东山再起(qǐ )。《三魂纪(jì )》的故事序幕由(yóu )此展开(kāi )。