在上古时(shí )期,仙界的元始天尊和(hé )灵宝天尊为了发展自(zì )己的势力,各自成立了(le )阐教和截教,并(bìng )在人界(jiè )传道布教,扶持(chí )代理人(rén )。很快,双方人马(mǎ )便爆发(fā )冲突,几千年来(lái )一直摩(mó )擦不断,终于在(zài )人界引(yǐn )起一场旷世大(dà )战,俗称“封神之战”。封神(shén )之战,阐教势力大获全(quán )胜,但是元始天尊的终(zhōng )极神器“打神鞭”却在战(zhàn )后销声匿迹,再无音讯(xùn )。3000年后,“打神鞭”的下落重(chóng )现于世,线索直指人间(jiān ),为了找到“打神鞭”,阐教(jiāo )势力在人间成(chéng )立了“特(tè )殊事件管理局(jú )”(特管(guǎn )局)。特管局的(de )成立并(bìng )没有表面看上(shàng )去那么(me )简单,似乎隐藏(cáng )着巨大(dà )的阴谋。而截教(jiāo )的残余势力也成立了(le )“造神研究所”,暗地里勾(gōu )结妖界,研究人妖结合(hé )的终极力量,只为东山(shān )再起。《三魂纪》的故事序(xù )幕由此展开。