在(zài )上古时期,仙界的元始(shǐ )天尊和灵宝天尊为了(le )发展自己的势力,各自(zì )成立了阐教和截教,并(bìng )在人界传道布(bù )教,扶持(chí )代理人。很快,双(shuāng )方人马(mǎ )便爆发冲突,几(jǐ )千年来(lái )一直摩擦不断(duàn ),终于在(zài )人界引起一场(chǎng )旷世大(dà )战,俗称“封神之(zhī )战”。封神之战,阐教势力(lì )大获全胜,但是元始天(tiān )尊的终极神器“打神鞭(biān )”却在战后销声匿迹,再(zài )无音讯。3000年后,“打神鞭”的(de )下落重现于世,线索直(zhí )指人间,为了找到“打神(shén )鞭”,阐教势力在人间成(chéng )立了“特殊事件(jiàn )管理局(jú )”(特管局)。特(tè )管局的(de )成立并没有表(biǎo )面看上(shàng )去那么简单,似(sì )乎隐藏(cáng )着巨大的阴谋(móu )。而截教(jiāo )的残余势力也(yě )成立了“造神研究所”,暗(àn )地里勾结妖界,研究人(rén )妖结合的终极力量,只(zhī )为东山再起。《三魂纪》的(de )故事序幕由此展开。