在上古时期,仙界(jiè )的元始天尊和灵宝天(tiān )尊为了发展自己的势(shì )力,各自成(chéng )立了阐教和(hé )截教,并在(zài )人界传道布(bù )教,扶持代(dài )理人。很快,双(shuāng )方人马便(biàn )爆发冲突,几(jǐ )千年来一(yī )直摩擦不断(duàn ),终于在人(rén )界引起一场(chǎng )旷世大战(zhàn ),俗称“封神之(zhī )战”。封神之(zhī )战,阐教势力(lì )大获全胜,但是元始天尊的终极神器“打神鞭”却在战后销声(shēng )匿迹,再无音讯。3000年后,“打(dǎ )神鞭”的下落重现于世(shì ),线索直指人间,为了找(zhǎo )到“打神鞭”,阐教势力在(zài )人间成立(lì )了“特殊事件(jiàn )管理局”(特管局)。特(tè )管局的成(chéng )立并没有表(biǎo )面看上去(qù )那么简单,似(sì )乎隐藏着(zhe )巨大的阴谋(móu )。而截教的(de )残余势力也(yě )成立了“造(zào )神研究所”,暗(àn )地里勾结妖界,研究人妖结合的终极力量,只为东山再起。《三魂纪》的故事序幕由此(cǐ )展开。