在上古时期,仙(xiān )界的元始天尊和灵宝(bǎo )天尊为了发展自己的(de )势力,各自成立(lì )了阐教(jiāo )和截教,并在人(rén )界传道(dào )布教,扶持代理(lǐ )人。很快(kuài ),双方人马便爆(bào )发冲突(tū ),几千年来一直(zhí )摩擦不(bú )断,终于在人界(jiè )引起一场旷世大战,俗(sú )称“封神之战”。封神之战(zhàn ),阐教势力大获全胜,但(dàn )是元始天尊的终极神(shén )器“打神鞭”却在战后销(xiāo )声匿迹,再无音讯。3000年后(hòu ),“打神鞭”的下落重现于(yú )世,线索直指人间,为了(le )找到“打神鞭”,阐教势力(lì )在人间成立了(le )“特殊事(shì )件管理局”(特(tè )管局)。特管局的成立(lì )并没有(yǒu )表面看上去那(nà )么简单(dān ),似乎隐藏着巨(jù )大的阴(yīn )谋。而截教的残(cán )余势力也成立了“造神(shén )研究所”,暗地里勾结妖(yāo )界,研究人妖结合的终(zhōng )极力量,只为东山再起(qǐ )。《三魂纪》的故事序幕由(yóu )此展开。